M'banza-Kongo đã từng là quê hương của Manikongo, người cai trị của Vương quốc Kongo, một vương quốc mà hưng thịnh nó từng trải dài từ bờ biển Đại Tây Dương ở Nam Phi lên đến bờ sông Nkisi. Manikongo đã được các nhà lãnh đạo của gia tộc chọn để cai trị khu vực có diện tích 300 mi3, là khu vực mà ngày nay là một phần của một số quốc gia. Những người Bồ Đào Nha đầu tiên đến đây vào năm 1491 khi trải qua 10 ngày di chuyển từ cửa sông Congo.[4]

Các vị vua đầu tiên đã gọi nó là "thành phố Congo" và cái tên São Salvador xuất hiện lần đầu trong các thư của Álvaro I (1568–1587) và sau đó là cả những người kế vị ông. Tên này đã được đổi thành "Thành phố Kongo" (Mbanza Kongo) sau khi Angola độc lập vào năm 1975.

Khi người Bồ Đào Nha đến đây, Mbanza Kongo đã là một thị trấn lớn, có lẽ là thị trấn lớn nhất ở châu Phi cận xích đạo, và năm 1491 nó được so sánh với thị trấn Évora của Bồ Đào Nha. Trong triều đại của Afonso I, các tòa nhà bằng đá đã được thêm vào, bao gồm một cung điện và một số nhà thờ. Thị trấn phát triển mạnh mẽ khi vương quốc Kongo mở rộng và phát triển, và một tuyên bố giáo hội trong những năm 1630 liên quan đến 4.000-5.000 lễ rửa tội được thực hiện trong thành phố và vùng xung quanh, phù hợp với tổng dân số lúc đó là 100.000 người. Trong số này, có lẽ 30.000 người sống trên núi và phần còn lại trong các thung lũng quanh thành phố. Trong số các tòa nhà quan trọng của nó có khoảng 12 nhà thờ, bao gồm nhà thờ São Salvador, cũng như nhà nguyện nhỏ và một cung điện hoàng gia hai tầng ấn tượng, theo Giovanni Francesco của Roma đã tới đây (1648).

Thành phố bị bỏ rơi nhiều lần trong các cuộc nội chiến sau Trận chiến Mbwila năm 1665, và một lần nữa vào năm 1678. Nó được tái chiếm vào năm 1705 bởi những người theo Dona Beatriz Kimpa Vita và được vua Pedro chọn làm thủ đô của Kongo năm 1709. Nó không bao giờ bị bỏ hoang mặc dù dân số của nó dao động đáng kể trong thế kỷ XVIII và XIX.